Pewne rozpoznanie występowania choroby pasożytniczej u człowieka jest stwierdzane na podstawie wykazania obecności pasożyta w danej tkance - w przypadku gałki ocznej i mózgu celowe byłoby pobranie wycinków do badania, a takie badania są niebezpieczne i rutynowo niewykonywane. Oczywiście można wykonywać szereg badań immunologicznych z krwi, ale te niekoniecznie wskażą na narząd zajęty chorobą pasożytniczą, bo wiele pasożytów nie bytuje w ściśle określonym narządzie (np. mózgu). Diagnostykę należy rozpocząć od podstawowych badań i dopiero, kiedy podejrzane będzie występowanie choroby pasożytniczej wskazane będzie poszerzenie diagnostyki np. o badania immunologiczne z krwi, czy obrazowe (np. rezonans magnetyczny głowy).
