Nadpłytkowość samoistna jest schorzeniem, które odpowiednio leczone ma łagodny przebieg - długość życia pacjentów z nadpłytkowością samoistną jest taka, jak osób zdrowych w populacji ogólnej. W przypadku młodego wieku (poniżej 60. roku życia) i braku w wywiadzie epizodów zakrzepowych wskazane jest jedynie przyjmowanie kwasu acetylosalicylowego, u osób starszych lub z powikłaniami, czy też w przypadku wysokiej liczby płytek krwi stosuje się leki redukcyjne. (np. hydroksymocznik). Choroba przez wiele lat przebiega bezobjawowo, niezwykle rzadko dochodzi do rozwoju białaczki u pacjentów. Ważna jest również profilaktyka miażdżycy i chorób układu krążenia.